在食品殺菌設備的選擇方面，傳統選擇一般是巴氏殺菌鍋，對于較難的殺菌大部份人會想到高溫殺菌，對于需要低溫殺菌的食品，首先會選擇輻照殺菌。其實在眾多的殺菌設備中，微波殺菌設備在過去的幾年未被大家所認識，隨著近幾年應用效果的突出表現，微波設備已成為企業的首選。因為，在眾多的殺菌方法中，微波設備的優勢最明顯。

    1、巴氏殺菌和蒸汽殺菌法缺點：由于蒸汽的熱量是從外到內傳遞，導致殺菌時間長，會對物料的風味產生不良影響（如呈香物質、敏感氨基酸的損失），且能耗大、操作繁瑣、生產連續性差。

    2、輻照技術食品殺菌法缺點：會破壞物料的分子結構，產生不可逆轉的傷害；產生輻照殘留物，破壞食品原有的香味；使某些食品的色澤變淺或褪盡；由于輻照劑量不得超過10kGy，故對某些頑固有害菌的殺滅并不徹底。

    并且科學界對輻照食品的安全性尚有爭議，世界各國對輻照食品的審批都持謹慎態度，如在二戰中受到核輻射打擊的日本，就禁止進口和銷售輻照食品。同時，許多消費者對輻照食品的購買也很保守。

    3、微波殺菌方法，具有快速、節能、加熱均勻、處理溫度低、保存風味和養分、安全無殘留、無污染、易自動化生產等優點。微波在食品工業中的應用十分廣泛，可用于食品殺菌保鮮、干燥、熟化、焙烤、膨化、改性、加速化學反應等方面。

    另外，微波處理食品，不會產生有害殘留物。還有以下優點：1）使用方便，在食品車間內就可安裝和使用微波設備。而要用輻照滅菌，首先得找到專業的輻照工廠，但我國對輻照廠的建造實行十分嚴格的許可制度，輻照廠數量不多，食品要運到較遠的輻照廠，才能進行滅菌，結果是既不方便，又增加了運輸成本，還浪費人力。2）降低殺菌成本。用微波殺菌設備對粉狀、塊狀、顆粒狀食品品殺菌，處理一公斤物料只需電費0.1~0.2元，成本比輻照滅菌更低

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